Jeże pigmejskie są stworzeniami prowadzącymi nocny tryb życia. W naturze dzień spędzają w schronieniu, nocami natomiast przemierzają duże odległości celem poszukiwania pożywienia lub partnera. Są to zwierzęta prowadzące samotniczy tryb życia i trzymają się od siebie na odległość. W pary łączą się wyłącznie w celach rozrodczych. Samiec nie uczestniczy w wychowaniu małych jeży.  Szczególnie samce unikają kontaktu ze sobą, podczas którego może dojść do walki. Również samica wychowująca małe jeże może zachować się agresywnie względem innych jeży.

Zmysły

Jeże pigmejskie posiadają doskonale rozwinięty zmysł węchu i zapachu co pozwala im na nocne poszukiwania pokarmu. Zauważyć możemy, że ze względu na tryb życia jeża te dwa zmysły mocno zyskały kosztem wzroku. W naturze odżywają się wszelkiego rodzaju owadami, pająkami, ślimakami, także drobnymi kręgowcami (małe gryzonie, płazy, gady, ptaki i ich jaja) i w mniejszym stopniu pokarmem roślinnym (owoce, nasiona, korzenie) i grzybami. Tu zwrócić musimy uwagę na dużą odporność tych stworzeń na jad. Pozwala im to na polowanie na takie zwierzęta jak węże czy skorpiony.

W przypadku kiedy jeż przestraszy się, natychmiastowo zwijają się w kulkę nie pozostawiając dostępu do miękkiego podbrzusza. Stroszy kolce, głośno fuczy i wykonuje gwałtowne ruchy na boki starając się odstraszyć potencjalne niebezpieczeństwo.

Często zwijanie się w kulkę i fuczenie wiąże się również z przechodzeniem quillingu. Więcej w tym artykule: Quilling czyli gubienie kolców.

Zbieranie zapachów

Nietypowe dla tych zwierząt jest zjawisko zbierania zapachów z otoczenia. Kiedy jeż pigmejski ma kontakt z przedmiotem o nowym zapachu, liże go, a następnie wykręca swoje ciało i zaczyna toczyć niewielkie ilości pienistej śliny na swój grzbiet – następnie rozprowadza ją za pomocą długiego języka. Specjaliści spierają się co do genezy działania tego mechanizmu. Najbardziej prawdopodobnym wydaje się być, że jeże pigmejskie starają się zebrać na sobie zapachy otoczenia, aby nocą gdy polegają tylko na zapachu i słuchu być lepiej zakamuflowanym.

W przypadku niekorzystnych warunków środowiskowych, gdy temperatura na stałe spada poniżej  20ºC lub wzrasta powyżej 30ºC jeż pigmejski może zapaść w swojego rodzaju sen zimowy. Sen zimowy dla jeża pigmejskiego to nic innego jak wstrzymanie procesów życiowych. W wielu przypadkach proces ten jest już nieodwracalny.